Andrew Roth

Andrew Roth

Computational statistics, Machine learning, Genomics, Cancer evolution

I am a postdoctoral researcher in the Department of Statistics and Ludwig Institute for Cancer Research at the University of Oxford. I develop computational and statistical methods to leverage high throughput sequencing data to study cancer genomes.

Publications

2017

  • A. Bouchard-Côté, A. Doucet, A. Roth, Particle Gibbs Split-Merge Sampling for Bayesian Inference in Mixture Models, Journal of Machine Learning Research, vol. 18, no. 28, 1–39, Apr. 2017.
  • M. A. Smith, C. B. Nielsen, F. C. Chan, A. McPherson, A. Roth, H. Farahani, D. Machev, A. Steif, S. P. Shah, E-scape: interactive visualization of single-cell phylogenetics and cancer evolution, Nature Methods, vol. 14, no. 6, 549–550, May 2017.
  • S. Salehi, A. Steif, A. Roth, S. Aparicio, A. Bouchard-Côté, S. P. Shah, ddClone: joint statistical inference of clonal populations from single cell and bulk tumour sequencing data, Genome biology, vol. 18, no. 1, 44, Mar. 2017.

2016

  • A. Roth, A. McPherson, E. Laks, T. Masud, A. Bashashati, A. W. Zhang, G. Ha, J. Biele, D. Yap, A. Wan, L. M. Prentice, J. Khattra, M. Smith, C. Nielsen, S. C. Mullaly, S. Kalloger, A. Karnezis, K. Shumansky, C. Siu, J. Rosner, H. L. Chan, J. Ho, N. Melnyk, J. Senz, W. Yang, R. Moore, A. Mungall, M. A. Marra, A. Bouchard-Côté, C. B. Gilks, D. G. Huntsman, J. N. McAlpine, S. Aparicio, S. P. Shah, Divergent Modes of Clonal Spread and Intraperitoneal Mixing in High-Grade Serous Ovarian Cancer, Nature Genetics, Mar. 2016.
  • A. S. Morrissy, L. Garzia, D. J. H. Shih, S. Zuyderduyn, X. Huang, P. Skowron, M. Remke, F. M. G. Cavalli, V. Ramaswamy, P. E. Lindsay, S. Jelveh, L. K. Donovan, X. Wang, B. Luu, K. Zayne, Y. Li, C. Mayoh, N. Thiessen, E. Mercier, K. L. Mungall, Y. Ma, K. Tse, T. Zeng, K. Shumansky, A. J. L. Roth, S. Shah, H. Farooq, N. Kijima, B. L. Holgado, J. J. Y. Lee, S. Matan-Lithwick, J. Liu, S. C. Mack, A. Manno, K. A. Michealraj, C. Nor, J. Peacock, L. Qin, J. Reimand, A. Rolider, Y. Y. Thompson, X. Wu, T. Pugh, A. Ally, M. Bilenky, Y. S. N. Butterfield, R. Carlsen, Y. Cheng, E. Chuah, R. D. Corbett, N. Dhalla, A. He, D. Lee, H. I. Li, W. Long, M. Mayo, P. Plettner, J. Q. Qian, J. E. Schein, A. Tam, T. Wong, I. Birol, Y. Zhao, C. C. Faria, J. Pimentel, S. Nunes, T. Shalaby, M. Grotzer, I. F. Pollack, R. L. Hamilton, X. Li, A. E. Bendel, D. W. Fults, A. W. Walter, T. Kumabe, T. Tominaga, V. P. Collins, Y. Cho, C. Hoffman, D. Lyden, J. H. Wisoff, J. J. H. Garvin, D. S. Stearns, L. Massimi, U. Schüller, J. Sterba, K. Zitterbart, S. Puget, O. Ayrault, S. E. Dunn, D. P. C. Tirapelli, C. G. Carlotti, H. Wheeler, A. R. Hallahan, W. Ingram, T. J. MacDonald, J. J. Olson, E. G. Van Meir, J. Lee, K. Wang, S. Kim, B. Cho, T. Pietsch, G. Fleischhack, S. Tippelt, Y. S. Ra, S. Bailey, J. C. Lindsey, S. C. Clifford, C. G. Eberhart, M. K. Cooper, R. J. Packer, M. Massimino, M. L. Garre, U. Bartels, U. Tabori, C. E. Hawkins, P. Dirks, E. Bouffet, J. T. Rutka, R. J. Wechsler-Reya, W. A. Weiss, L. S. Collier, A. J. Dupuy, A. Korshunov, D. T. W. Jones, M. Kool, P. A. Northcott, S. M. Pfister, D. A. Largaespada, A. J. Mungall, R. A. Moore, N. Jabado, G. D. Bader, S. J. M. Jones, D. Malkin, M. A. Marra, M. D. Taylor, Divergent clonal selection dominates medulloblastoma at recurrence., Nature, vol. 529, no. 7586, 351–357, Jan. 2016.
  • A. Roth, A. McPherson, E. Laks, J. Biele, D. Yap, A. Wan, J. N. McAlpine, S. Aparicio, A. Bouchard-Côté, S. P. Shah, Simultaneous inference of clonal genotypes and population structure from single cell tumour sequencing, Nature Methods, Mar. 2016.
  • F. C. Chan, R. Kridel, A. Mottok, M. Boyle, P. Farinha, K. Tan, B. Meissner, A. Bashashati, A. McPherson, A. Roth, . others, Divergent Modes of Tumor Evolution Underlie Histological Transformation and Early Progression of Follicular Lymphoma, Dec. 2016.
  • R. Kridel, F. C. Chan, A. Mottok, M. Boyle, P. Farinha, K. Tan, B. Meissner, A. Bashashati, A. McPherson, A. Roth, . others, Histological Transformation and Progression in Follicular Lymphoma: A Clonal Evolution Study, PLoS Medicine, vol. 13, no. 12, e1002197, Dec. 2016.

2015

  • P. Eirew, A. Steif, J. Khattra, G. Ha, D. Yap, H. Farahani, K. Gelmon, S. Chia, C. Mar, A. Wan, E. Laks, J. Biele, K. Shumansky, J. Rosner, A. McPherson, C. Nielsen, A. J. L. Roth, C. Lefebvre, A. Bashashati, C. de Souza, C. Siu, R. Aniba, J. Brimhall, A. Oloumi, T. Osako, A. Bruna, J. L. Sandoval, T. Algara, W. Greenwood, K. Leung, H. Cheng, H. Xue, Y. Wang, D. Lin, A. J. Mungall, R. Moore, Y. Zhao, J. Lorette, L. Nguyen, D. Huntsman, C. J. Eaves, C. Hansen, M. A. Marra, C. Caldas, S. P. Shah, S. Aparicio, Dynamics of genomic clones in breast cancer patient xenografts at single-cell resolution., Nature, vol. 518, no. 7539, 422–426, Feb. 2015.

2014

  • G. Ha, A. Roth, J. Khattra, J. Ho, D. Yap, L. M. Prentice, N. Melnyk, A. McPherson, A. Bashashati, E. Laks, J. Biele, J. Ding, A. Le, J. Rosner, K. Shumansky, M. A. Marra, C. B. Gilks, D. G. Huntsman, J. N. McAlpine, S. Aparicio, S. P. Shah, TITAN: inference of copy number architectures in clonal cell populations from tumor whole-genome sequence data., Genome Res, vol. 24, no. 11, 1881–1893, Nov. 2014.
  • I. Nordentoft, P. Lamy, K. Birkenkamp-Demtröder, K. Shumansky, S. Vang, H. Hornshøj, M. Juul, P. Villesen, J. Hedegaard, A. Roth, K. Thorsen, S. Høyer, M. Borre, T. Reinert, N. Fristrup, L. Dyrskjøt, S. Shah, J. S. Pedersen, T. F. Ørntoft, Mutational context and diverse clonal development in early and late bladder cancer., Cell Rep, vol. 7, no. 5, 1649–1663, Jun. 2014.
  • A. Roth, J. Khattra, D. Yap, A. Wan, E. Laks, J. Biele, G. Ha, S. Aparicio, A. A. Bouchard-Côté, S. P. Shah, PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer., Nat Methods, vol. 11, no. 4, 396–398, Apr. 2014.

2013

  • A. Bashashati, G. Ha, A. Tone, J. Ding, L. M. Prentice, A. Roth, J. Rosner, K. Shumansky, S. Kalloger, J. Senz, W. Yang, M. McConechy, N. Melnyk, M. Anglesio, M. T. Y. Luk, K. Tse, T. Zeng, R. Moore, Y. Zhao, M. A. Marra, B. Gilks, S. Yip, D. G. Huntsman, J. N. McAlpine, S. P. Shah, Distinct evolutionary trajectories of primary high-grade serous ovarian cancers revealed through spatial mutational profiling., J Pathol, vol. 231, no. 1, 21–34, Sep. 2013.
  • R. D. Morin, K. Mungall, E. Pleasance, A. J. Mungall, R. Goya, R. D. Huff, D. W. Scott, J. Ding, A. Roth, R. Chiu, R. D. Corbett, F. C. Chan, M. Mendez-Lago, D. L. Trinh, M. Bolger-Munro, G. Taylor, A. Hadj Khodabakhshi, S. Ben-Neriah, J. Pon, B. Meissner, B. Woolcock, N. Farnoud, S. Rogic, E. L. Lim, N. A. Johnson, S. Shah, S. Jones, C. Steidl, R. Holt, I. Birol, R. Moore, J. M. Connors, R. D. Gascoyne, M. A. Marra, Mutational and structural analysis of diffuse large B-cell lymphoma using whole-genome sequencing., Blood, vol. 122, no. 7, 1256–1265, Aug. 2013.

2012

  • J. Ding, A. Bashashati, A. Roth, A. Oloumi, K. Tse, T. Zeng, G. Haffari, M. Hirst, M. A. Marra, A. Condon, S. Aparicio, S. P. Shah, Feature-based classifiers for somatic mutation detection in tumour-normal paired sequencing data., Bioinformatics, vol. 28, no. 2, 167–175, Jan. 2012.
  • G. Ha, A. Roth, D. Lai, A. Bashashati, J. Ding, R. Goya, R. Giuliany, J. Rosner, A. Oloumi, K. Shumansky, S. Chin, G. Turashvili, M. Hirst, C. Caldas, M. A. Marra, S. Aparicio, S. P. Shah, Integrative analysis of genome-wide loss of heterozygosity and monoallelic expression at nucleotide resolution reveals disrupted pathways in triple-negative breast cancer., Genome Res, vol. 22, no. 10, 1995–2007, Oct. 2012.
  • A. Heravi-Moussavi, M. S. Anglesio, S. G. Cheng, J. Senz, W. Yang, L. Prentice, A. P. Fejes, C. Chow, A. Tone, S. E. Kalloger, N. Hamel, A. Roth, G. Ha, A. N. C. Wan, S. Maines-Bandiera, C. Salamanca, B. Pasini, B. A. Clarke, A. F. Lee, C. Lee, C. Zhao, R. H. Young, S. A. Aparicio, P. H. B. Sorensen, M. M. M. Woo, N. Boyd, S. J. M. Jones, M. Hirst, M. A. Marra, B. Gilks, S. P. Shah, W. D. Foulkes, G. B. Morin, D. G. Huntsman, Recurrent somatic DICER1 mutations in nonepithelial ovarian cancers., N Engl J Med, vol. 366, no. 3, 234–242, Jan. 2012.
  • A. Roth, J. Ding, R. Morin, A. Crisan, G. Ha, R. Giuliany, A. Bashashati, M. Hirst, G. Turashvili, A. Oloumi, M. A. Marra, S. Aparicio, S. P. Shah, JointSNVMix: a probabilistic model for accurate detection of somatic mutations in normal/tumour paired next-generation sequencing data., Bioinformatics, vol. 28, no. 7, 907–913, Apr. 2012.
  • S. P. Shah, A. Roth, R. Goya, A. Oloumi, G. Ha, Y. Zhao, G. Turashvili, J. Ding, K. Tse, G. Haffari, A. Bashashati, L. M. Prentice, J. Khattra, A. Burleigh, D. Yap, V. Bernard, A. McPherson, K. Shumansky, A. Crisan, R. Giuliany, A. Heravi-Moussavi, J. Rosner, D. Lai, I. Birol, R. Varhol, A. Tam, N. Dhalla, T. Zeng, K. Ma, S. K. Chan, M. Griffith, A. Moradian, S. G. Cheng, G. B. Morin, P. Watson, K. Gelmon, S. Chia, S. Chin, C. Curtis, O. M. Rueda, P. D. Pharoah, S. Damaraju, J. Mackey, K. Hoon, T. Harkins, V. Tadigotla, M. Sigaroudinia, P. Gascard, T. Tlsty, J. F. Costello, I. M. Meyer, C. J. Eaves, W. W. Wasserman, S. Jones, D. Huntsman, M. Hirst, C. Caldas, M. A. Marra, S. Aparicio, The clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers., Nature, vol. 486, no. 7403, 395–399, Jun. 2012.

2010

  • A. P. Hegle, H. Nazzari, A. Roth, D. Angoli, E. A. Accili, Evolutionary emergence of N-glycosylation as a variable promoter of HCN channel surface expression., Am J Physiol Cell Physiol, vol. 298, no. 5, C1066–C1076, May 2010.