Andrew Roth

Andrew Roth

Computational statistics, Machine learning, Genomics, Cancer evolution

I am a postdoctoral researcher in the Department of Statistics and Ludwig Institute for Cancer Research at the University of Oxford. I develop computational and statistical methods to leverage high throughput sequencing data to study cancer genomes.

Publications

2017

  • A. Bouchard-Côté , A. Doucet , A. Roth , Particle Gibbs Split-Merge Sampling for Bayesian Inference in Mixture Models, Journal of Machine Learning Research, vol. 18, no. 28, 1–39, Apr. 2017.
  • M. A. Smith , C. B. Nielsen , F. C. Chan , A. McPherson , A. Roth , H. Farahani , D. Machev , A. Steif , S. P. Shah , E-scape: interactive visualization of single-cell phylogenetics and cancer evolution, Nature Methods, vol. 14, no. 6, 549–550, May 2017.
  • S. Salehi , A. Steif , A. Roth , S. Aparicio , A. Bouchard-Côté , S. P. Shah , ddClone: joint statistical inference of clonal populations from single cell and bulk tumour sequencing data, Genome biology, vol. 18, no. 1, 44, Mar. 2017.

2016

  • A. Roth , A. McPherson , E. Laks , T. Masud , A. Bashashati , A. W. Zhang , G. Ha , J. Biele , D. Yap , A. Wan , L. M. Prentice , J. Khattra , M. Smith , C. Nielsen , S. C. Mullaly , S. Kalloger , A. Karnezis , K. Shumansky , C. Siu , J. Rosner , H. L. Chan , J. Ho , N. Melnyk , J. Senz , W. Yang , R. Moore , A. Mungall , M. A. Marra , A. Bouchard-Côté , C. B. Gilks , D. G. Huntsman , J. N. McAlpine , S. Aparicio , S. P. Shah , Divergent Modes of Clonal Spread and Intraperitoneal Mixing in High-Grade Serous Ovarian Cancer, Nature Genetics, Mar. 2016.
  • A. Roth , A. McPherson , E. Laks , J. Biele , D. Yap , A. Wan , J. N. McAlpine , S. Aparicio , A. Bouchard-Côté , S. P. Shah , Simultaneous inference of clonal genotypes and population structure from single cell tumour sequencing, Nature Methods, Mar. 2016.
  • F. C. Chan , R. Kridel , A. Mottok , M. Boyle , P. Farinha , K. Tan , B. Meissner , A. Bashashati , A. McPherson , A. Roth , . others , Divergent Modes of Tumor Evolution Underlie Histological Transformation and Early Progression of Follicular Lymphoma, Dec. 2016.
  • R. Kridel , F. C. Chan , A. Mottok , M. Boyle , P. Farinha , K. Tan , B. Meissner , A. Bashashati , A. McPherson , A. Roth , . others , Histological Transformation and Progression in Follicular Lymphoma: A Clonal Evolution Study, PLoS Medicine, vol. 13, no. 12, e1002197, Dec. 2016.

2015

  • P. Eirew , A. Steif , J. Khattra , G. Ha , D. Yap , H. Farahani , K. Gelmon , S. Chia , C. Mar , A. Wan , E. Laks , J. Biele , K. Shumansky , J. Rosner , A. McPherson , C. Nielsen , A. J. L. Roth , C. Lefebvre , A. Bashashati , C. de Souza , C. Siu , R. Aniba , J. Brimhall , A. Oloumi , T. Osako , A. Bruna , J. L. Sandoval , T. Algara , W. Greenwood , K. Leung , H. Cheng , H. Xue , Y. Wang , D. Lin , A. J. Mungall , R. Moore , Y. Zhao , J. Lorette , L. Nguyen , D. Huntsman , C. J. Eaves , C. Hansen , M. A. Marra , C. Caldas , S. P. Shah , S. Aparicio , Dynamics of genomic clones in breast cancer patient xenografts at single-cell resolution., Nature, vol. 518, no. 7539, 422–426, Feb. 2015.

2014

  • G. Ha , A. Roth , J. Khattra , J. Ho , D. Yap , L. M. Prentice , N. Melnyk , A. McPherson , A. Bashashati , E. Laks , J. Biele , J. Ding , A. Le , J. Rosner , K. Shumansky , M. A. Marra , C. B. Gilks , D. G. Huntsman , J. N. McAlpine , S. Aparicio , S. P. Shah , TITAN: inference of copy number architectures in clonal cell populations from tumor whole-genome sequence data., Genome Res, vol. 24, no. 11, 1881–1893, Nov. 2014.
  • I. Nordentoft , P. Lamy , K. Birkenkamp-Demtröder , K. Shumansky , S. Vang , H. Hornshøj , M. Juul , P. Villesen , J. Hedegaard , A. Roth , K. Thorsen , S. Høyer , M. Borre , T. Reinert , N. Fristrup , L. Dyrskjøt , S. Shah , J. S. Pedersen , T. F. Ørntoft , Mutational context and diverse clonal development in early and late bladder cancer., Cell Rep, vol. 7, no. 5, 1649–1663, Jun. 2014.
  • A. Roth , J. Khattra , D. Yap , A. Wan , E. Laks , J. Biele , G. Ha , S. Aparicio , A. A. Bouchard-Côté , S. P. Shah , PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer., Nat Methods, vol. 11, no. 4, 396–398, Apr. 2014.

2013

  • A. Bashashati , G. Ha , A. Tone , J. Ding , L. M. Prentice , A. Roth , J. Rosner , K. Shumansky , S. Kalloger , J. Senz , W. Yang , M. McConechy , N. Melnyk , M. Anglesio , M. T. Y. Luk , K. Tse , T. Zeng , R. Moore , Y. Zhao , M. A. Marra , B. Gilks , S. Yip , D. G. Huntsman , J. N. McAlpine , S. P. Shah , Distinct evolutionary trajectories of primary high-grade serous ovarian cancers revealed through spatial mutational profiling., J Pathol, vol. 231, no. 1, 21–34, Sep. 2013.
  • R. D. Morin , K. Mungall , E. Pleasance , A. J. Mungall , R. Goya , R. D. Huff , D. W. Scott , J. Ding , A. Roth , R. Chiu , R. D. Corbett , F. C. Chan , M. Mendez-Lago , D. L. Trinh , M. Bolger-Munro , G. Taylor , A. Hadj Khodabakhshi , S. Ben-Neriah , J. Pon , B. Meissner , B. Woolcock , N. Farnoud , S. Rogic , E. L. Lim , N. A. Johnson , S. Shah , S. Jones , C. Steidl , R. Holt , I. Birol , R. Moore , J. M. Connors , R. D. Gascoyne , M. A. Marra , Mutational and structural analysis of diffuse large B-cell lymphoma using whole-genome sequencing., Blood, vol. 122, no. 7, 1256–1265, Aug. 2013.

2012

  • J. Ding , A. Bashashati , A. Roth , A. Oloumi , K. Tse , T. Zeng , G. Haffari , M. Hirst , M. A. Marra , A. Condon , S. Aparicio , S. P. Shah , Feature-based classifiers for somatic mutation detection in tumour-normal paired sequencing data., Bioinformatics, vol. 28, no. 2, 167–175, Jan. 2012.
  • G. Ha , A. Roth , D. Lai , A. Bashashati , J. Ding , R. Goya , R. Giuliany , J. Rosner , A. Oloumi , K. Shumansky , S. Chin , G. Turashvili , M. Hirst , C. Caldas , M. A. Marra , S. Aparicio , S. P. Shah , Integrative analysis of genome-wide loss of heterozygosity and monoallelic expression at nucleotide resolution reveals disrupted pathways in triple-negative breast cancer., Genome Res, vol. 22, no. 10, 1995–2007, Oct. 2012.
  • A. Heravi-Moussavi , M. S. Anglesio , S. G. Cheng , J. Senz , W. Yang , L. Prentice , A. P. Fejes , C. Chow , A. Tone , S. E. Kalloger , N. Hamel , A. Roth , G. Ha , A. N. C. Wan , S. Maines-Bandiera , C. Salamanca , B. Pasini , B. A. Clarke , A. F. Lee , C. Lee , C. Zhao , R. H. Young , S. A. Aparicio , P. H. B. Sorensen , M. M. M. Woo , N. Boyd , S. J. M. Jones , M. Hirst , M. A. Marra , B. Gilks , S. P. Shah , W. D. Foulkes , G. B. Morin , D. G. Huntsman , Recurrent somatic DICER1 mutations in nonepithelial ovarian cancers., N Engl J Med, vol. 366, no. 3, 234–242, Jan. 2012.
  • A. Roth , J. Ding , R. Morin , A. Crisan , G. Ha , R. Giuliany , A. Bashashati , M. Hirst , G. Turashvili , A. Oloumi , M. A. Marra , S. Aparicio , S. P. Shah , JointSNVMix: a probabilistic model for accurate detection of somatic mutations in normal/tumour paired next-generation sequencing data., Bioinformatics, vol. 28, no. 7, 907–913, Apr. 2012.
  • S. P. Shah , A. Roth , R. Goya , A. Oloumi , G. Ha , Y. Zhao , G. Turashvili , J. Ding , K. Tse , G. Haffari , A. Bashashati , L. M. Prentice , J. Khattra , A. Burleigh , D. Yap , V. Bernard , A. McPherson , K. Shumansky , A. Crisan , R. Giuliany , A. Heravi-Moussavi , J. Rosner , D. Lai , I. Birol , R. Varhol , A. Tam , N. Dhalla , T. Zeng , K. Ma , S. K. Chan , M. Griffith , A. Moradian , S. G. Cheng , G. B. Morin , P. Watson , K. Gelmon , S. Chia , S. Chin , C. Curtis , O. M. Rueda , P. D. Pharoah , S. Damaraju , J. Mackey , K. Hoon , T. Harkins , V. Tadigotla , M. Sigaroudinia , P. Gascard , T. Tlsty , J. F. Costello , I. M. Meyer , C. J. Eaves , W. W. Wasserman , S. Jones , D. Huntsman , M. Hirst , C. Caldas , M. A. Marra , S. Aparicio , The clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers., Nature, vol. 486, no. 7403, 395–399, Jun. 2012.

2010

  • A. P. Hegle , H. Nazzari , A. Roth , D. Angoli , E. A. Accili , Evolutionary emergence of N-glycosylation as a variable promoter of HCN channel surface expression., Am J Physiol Cell Physiol, vol. 298, no. 5, C1066–C1076, May 2010.